面对棘手的疫情,如果研究人员能够找到隐藏在SARS-CoV-2变异体中的细节,那就好办了。
好消息是,莱斯大学乔治-R-布朗工程学院开发的一个新程序将使之成为可能,至少对于“宿主内变体”来说,即那些出现在同一新冠患者的变体。
由莱斯大学计算机科学家Todd Treangen和研究生Yunxi Liu领导的团队开发了Variabel,Variabel使用低成本的纳米孔测序技术来识别病毒感染后的宿主内变异。它能准确识别新冠病毒的“低频变体”,从而在它们有机会传播之前,识别潜在的破坏性变体。
该实验室在对感染埃博拉和诺瓦克病毒的病人的序列测序进行Variabel测试后同样取得了成功。
研究人员声称,Variabel的关键是它能够区分真正变体和测序错误。Variabel为宿主内部变异的测序打开了大门,这最终可能有助于发现未来特定的变异。
《自然·通讯》上详细介绍了这个开源程序,可在https://gitlab.com/treangenlab/variabel上下载。